在神奇宝贝世界中，以组合形式出现的神奇宝贝有很多，其中也包括传说神奇宝贝，而在这些组合中，无论是创造者、领导者、还是实力高于其他成员的神奇宝贝都会被称为“三神之主”。

     洛奇亚是火焰鸟、急冻鸟、闪电鸟的“三神之主”，曾经在剧场版中提到过它们之间的关系，洛奇亚有能力平息三神鸟的怒气，而三神鸟则分别守护洛奇亚的三颗宝珠，由此可见洛奇亚对于三神鸟来说就是领导者。

     凤王是雷公、炎帝、水君的“三神之主”，传说凤王曾经将烧焦塔内死去的三只神秘神奇宝贝复活，并赐予它们雷电、火焰和水的力量，之后这三只神奇宝贝便听命于凤王，负责看管人类与神奇宝贝之间的共存关系。

     裂空座与固拉多、盖欧卡并称为超古代神奇宝贝，但裂空座同时也是固拉多与盖欧卡的“三神之主”，每当盖欧卡和固拉多为争夺自然能量而发生争斗时，烈空坐便会从天而降制止了它们的战斗，对于盖欧卡和固拉多来说，裂空座应该就是它们的首领。

      雷吉奇卡斯是冰柱、岩柱和钢柱的“三神之主”，在神奥地区的传说中，雷吉奇卡斯拖动大陆使大地的排列更变，当适宜生命繁衍的大地形成之后，雷吉奇卡斯便陷入沉睡，但在趁睡之前，它用岩石、冰块和岩浆按照自己的样子创造了出来，之后三神柱便遵循着雷吉奇卡斯的指令守护大地，在三神柱的眼里雷吉奇卡斯不仅是创造者，更是先驱领导者。

     传说中阿尔宙斯创造了神奇宝贝世界，之后还创造了帝牙卢卡、帕路奇亚和骑拉帝纳，然而骑拉帝纳的凶暴成为了神奇宝贝世界的威胁，无奈阿尔宙斯将其封入混沌空间中，在此之后为了制约帝牙卢卡和帕路奇亚，它又创造了湖中的传说神奇宝贝，因此阿尔宙斯是神话神奇宝贝与湖中传说神奇宝贝的“三神之主”，既是创造者也是领导者。

      勾帕路翁与凯路迪欧既是圣剑士的成员也同为“三神之主”，勾帕路翁是圣剑士最初的领导者，当凯路迪欧被收为徒弟后，凯路迪欧便继承了圣剑士领导者的位置。

      土地云是三云神的“三神之主”，它与其他三云神的关系与烈空坐和超远古的关系类似，虽然土地云、雷电云和龙卷云同为三云神，但三云神之间的却是互相敌对。龙卷云和雷电云是引起灾祸的神奇宝贝，它们一直都是死敌的关系，除非不见面，不然就要拼个你死我活，而土地云则会为了保证农田不被破坏而阻止它们。

      酋雷姆作为道之三龙的首领自然称得上“三神之主”，传说初始之龙体内能量分裂后，形成了莱希拉姆和捷克罗姆这两只传说神奇宝贝，之后残余的部分则成为酋雷姆，虽然整体能力上酋雷姆你于莱希拉姆和捷克罗姆，但是酋雷姆拥有吸收它们合为一体的能力，因此这种力量成为了压制莱希拉姆和捷克罗姆的终极力量。

      基格尔德被称为传说的气场神奇宝贝之首，也就是哲尔尼亚斯与伊裴尔塔尔的“三神之主”，平时哲尔尼亚斯与伊裴尔塔尔都是陷入沉睡中的，但是当它们醒来时，基格尔德便会用自己的力量翻转哲尔尼亚斯与伊裴尔塔尔的气场能量，从而平息它们的“起床气”，使它们能再次陷入沉睡。

皮卡丘，不接受反驳