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大理城•女娲神殿

女娲神殿是白苗族祭祀女娲女神的地方，殿中蛇尾人身石像据说是十年前大水灾时带来的，因其与女娲神形似，故在神殿里供人祭拜。李逍遥见石像容貌与灵儿极为相似。不由得向前察看，却被传送到一个地方，在此见到灵儿的母亲巫后，才知石像是巫后所变。巫后问明李逍遥对灵儿的情意后，就将他传送到十年前的南绍城。

南绍城•黑苗族王宫

李逍遥被传送到一处郊野，见到数名黑苗族士兵奉拜月教主之命，正在追杀正带年仅6岁的灵儿逃离苗疆的姥姥。李逍遥杀死这些士兵，姥姥向她道谢后带灵儿乘凤凰离开。随后又有另一批黑苗士兵来到，李逍遥再次打败这些黑苗士兵，为避免麻烦，李逍遥也换上黑苗服装。向西走看到一艘小船，船上的黑苗士兵要他一起到王宫集合。南绍城此时为大水所淹，拜月教主认为是巫后所为，鼓动士兵胁迫巫王处死巫后。李逍遥潜入王宫中的监牢见到被囚禁的巫后，巫后要他到王宫地下宫殿取回天蛇杖，以便脱困。

南绍城•地下宫殿

李逍遥告诉地下宫殿石长老一句巫王交待的暗语。进入地下宫殿取回被巫王没收的天蛇杖，将天蛇杖交给监牢中的巫后。两人正要逃离，巫王和拜月教主来到，拜月教主施法，使巫后露出蛇尾人身的原形，迫使巫后带着李逍遥逃往王宫下面的地下水道。

南绍城•地下水道

在地下水道，李逍遥和巫后遇到拜月教主带着水魔兽前来追杀。原来拜月教主破坏女娲的封印，召唤太古魔兽造成了水灾，却利用巫后不是人类而嫁祸给她。由于水魔兽遇水即生，因此只能暂时将她打败，却无法彻底消灭。巫后带着李逍遥且战且逃，终于无路可逃，最后巫后牺牲自己消灭水魔兽，而将李逍遥传送到他家附近的山神庙。

山神庙

李逍遥被传送到离家不远的山神庙，见到了十年前的自己。才9岁的他说山神庙里来了一位受伤的老婆婆和一位小女孩。李逍遥进去一看，原来是姥姥和灵儿逃难至此。姥姥给他带一条凤纹手绢作为信物，到港边找接应的人。

小镇•港口

李逍遥来到港口，一位船上的商人认得这条凤纹手绢，原来他就是灵月宫主所变。灵月宫主带姥姥和灵儿回仙灵岛躲藏。行前她告诉李逍遥有一种叫做回魂仙梦的法术能够使人在梦中看到过去，如果想要结束这个梦，只要满足做梦之人心底的愿望即可回到现实。

山神庙

李逍遥在从山神庙西南小路的树下小箱子中见到一颗很特别的小珠子，9岁的李逍遥过来阻止，说这颗珠子是父亲送给他的，李逍遥和小时候的自己商量，以一柄木剑交换这颗水灵珠。身上没有木剑，可到小镇港口处的木匠铺里买一把。

大理城•女娲神殿

得到水灵珠后，李逍遥又重回女娲神殿的石像前，见到阿奴正在为他的安危祷告。原来他已失踪一个月了，小凤凰也已经出生了。

苗疆•圣姑家

李逍遥将取得的凤凰蛋壳和麒麟角交给圣姑，数月后灵儿顺利生下一个女儿，取名为忆如，以纪念月如。圣姑要李逍遥到试炼窟中抓36只傀儡虫回来。

苗疆•试炼窟

从大理城外向东南方向走可到试炼窟。半道上李逍遥遇见盖罗娇正在训练五毒兽以对抗黑苗族，为避免秘密泄漏，想杀人灭口，李逍遥不得已只好出手还击，打败她后，阿奴出现阻止盖娇奴再度拼命。盖罗娇离去后，李逍遥和阿奴一起进入试炼窟。阿奴提到传说试炼窟深处有女娲的陵墓，但没有人能够到达。李逍遥一边打败怪物，获得傀儡虫，一边往地底深处走，在女娲陵墓外放置兵马俑的大厅西南方找到一个幻像墙，穿墙而过后，先到北边的石室取得芦苇漂，再到南边水道使用芦苇漂，经过一个水上迷宫，就到了女娲陵墓。在此可得到玄冥宝刀，无尘剑、金罡珠、冥蛇杖等至宝，并可以学到土神、雷神、风神、雪妖、火神等法术。之后，利用土灵珠回到地面。

桃花林 将傀儡虫交给圣姑后，托她照顾忆如，李逍遥和阿奴陪灵儿到大理城。出圣姑家，过桥向西北走有一座桃花林，使用风灵珠吹散浓雾，就可以进去。在桃花林可使用飞龙探云手从怪物身上偷得天仙玉露、女娲石、灵山仙芝等宝物，而且也可以提升灵儿的等级。 大理城•女娲神殿 到了大理城，正赶上黑苗族来袭，白苗族处于下风，老弱妇孺都被撤到女娲神殿避难。灵儿到巫后石像前祈祷，巫后显灵，要灵儿用爱化解两族间的仇恨，并将圣灵珠、圣灵披风、天蛇杖交给灵儿。灵儿到神殿右侧的祭坛祈雨。先将圣灵珠放在祭坛前石碑中央的圆孔中，祭坛会升起5根石柱，依次将雷灵珠、风灵珠、土灵珠、火灵珠、水灵珠放在东西南北中5个石柱顶端的凹孔中，念出祭雨咒文，不多时，久旱无雨的苗疆终于下起了十年来第一场雨，大地复苏，正在激战的双方士兵也停止了战斗。黑苗族兵大嚷女娲娘娘发怒了，纷纷逃走，拜月教主也挡不住。正当白苗族欢庆胜利时，地底下突然钻出一只地魔兽，消灭地魔兽后，灵儿决定循它钻出的地底通道，到南绍城去。 南绍城•王宫 穿过地底通道到达地底王宫。从地底王宫进入王宫大殿，看到巫王独自坐在王座上，巫王要将王位让给灵儿，并原谅他的行为。话没说完，拜月教主就出来制止。李逍遥打败他派出的殿前武士，巫王突然偷袭灵儿，使她受了重伤。原来巫王早已被拜月教主害死，这个巫王是妖怪乔装而成。李逍遥和阿奴杀掉这个装扮成巫王的妖怪后，阿奴留下来为灵儿疗伤，李逍遥则在王宫入口处追上拜月教主。拜月教主承认水灾和旱灾均是他一手操纵，他要率领魔兽征服天下。这时灵儿和阿奴也赶到，三人合力将拜月教主打倒。拜月教主投水，与水魔兽合体，引发大水，将李逍遥和阿奴冲走，只有灵儿飞身上前与水魔兽决战。 魔兽消失了，大水也退了，但灵儿不再出现。不久李逍遥与阿奴告别，独自离开了苗疆。阿奴送走了逍遥，也送走了她的心。月如得圣姑以傀儡虫复生，抱着初生的忆如，等待李逍遥和灵儿归来。